Flash hinterläßt die Dateien nicht wie gedacht im Browser-Cache, sondern in einem eigenen Cache, den man nicht einfach löschen kann. Es gibt von Adobe einen Settings Manager, der es ermöglich, diesen Cache zu verwalten und die Dateien zu löschen.
Adobe Fash Settings Manager
Tutorial: Tutorial: „How to delete your flash cache“

Noch ein Tipp von mir: Wenn nach mehrmaligem hochladen und Browser-Cache-Löschen und Flash-Cookie löschen und verzweifeln, die Flash-Animation immer noch die alte ist, dann die Url der Flash-Datei direkt in die Adresszeile schreiben (wenn man sie nicht kennt, dann Firebug zu Hilfe nehmen) und dahinter einen Get-Parameter hängen. Beispiel: main.swf?test01. Das veranlasst den Browser, die Datei neu vom Server zu Laden und nicht aus dem Cache.